1997年，根据市委、市政府提出的“舟山发展水为先，大陆引水是根本”的战略决策，组建舟山市大陆引水工程办公室，负责实施大陆引水工程。2001年9月，舟山市水务局成立（同时保留舟山市大陆引水工程办公室牌子），为市政府负责水务工作的直属县处级事业单位。同时，成立舟山市水务集团有限公司，注册资本一亿元，属国有独资企业，与市水务局两块牌子一套班子，主要负责统一管理原水、城市制水、城市供水、城市给水、城市污水处理，以及城市供水的水源工程、供水设施和城市污水处理的规划、建设和管理；承担授权范围内国有资产的经营管理，确保国有资产的安全运行和保值增值。另单独设立舟山市节约用水办公室，负责城市节约用水工作。

2010年，根据《舟山市人民政府机构改革方案》（舟委办〔2010〕97号）和《舟山市水务体制调整总体方案》（舟政办函〔2012〕83号）精神，撤销市水务局，保留市水务集团有限公司，将水务行政管理职责划交市水利水务围垦局承担。市水务集团为市政府直属国有独资企业，按现代企业制度进行运作，行业管理归口市水利水务围垦局，国有资产由市国资委管理。同时保留市大陆引水工程办公室，大陆引水工程工作由市水务集团承担。另将市节约用水办公室调整到市水利水务围垦局，设立舟山市节约用水管理中心，在市节约用水办公室指导下，受委托承担节水具体工作。市水务集团内设“六部二室”，分别为办公室、党群工作部、工程技术部、投资发展部、供水管理部、计划财务部、安全生产部和监察室。

市水务集团下辖舟山开源供水有限责任公司和市污水处理有限公司两家国有独资公司，注册资本分别为6000万元和500万元，市原水管理中心为科级自收自支全民事业单位，与舟山开源供水有限责任公司两块牌子一套班子，参股舟山市自来水有限公司3400万元，参股比例13.88%。

水务集团主要水务设施为：一、原水。辖有8座直属水库，管理、使用21座农用水库,总蓄水能力5680万立方米，其中最大水库为虹桥水库，正常库容为1015万立方米；供水泵站 24 座（包括大陆引水泵站3座）；原水输水管道207公里（包括已建成的大陆引水应急工程管道67.338公里和岱山引水应急工程管道26.93公里）。2003年至2012年总计供应原水2.98亿立方米，大陆引水应急工程设计年均引水量2160万立方米，2003年8月启动，至2012年底总计引水1.28亿立方米。二、制供水。现有11个制供水单位和3家子公司，分别为定海、普陀、普陀山、临城、白泉、马岙、小沙、干览、金塘、勾山和岑港等水厂；市自来水公司下属三家全资子公司为舟山市昌通管道安装工程有限公司、舟山市昌贸物资经营有限公司和舟山市岱山自来水有限公司，另有定海、普陀和岑港三个营业所。全市日供水能力35万吨，最大水厂为虹桥水厂，日供水能力10万吨，拥有口径100毫米以上供水管网约1200公里，供水人口70余万人，供水用户约34.2万户，除居民用户外，工业7150户，商业服务业15916户，非经营性2633户，特种行业460户。2012年，全市完成供水量近8500万吨，完成售水量7000余万吨，日均供水量约为22万吨。三、污水处理。建有污水处理厂4座，日污水处理能力共计8.8万吨，其中定海污水处理厂4万吨/日；普陀小干污水处理厂2.5万吨/日；勾山污水处理厂0.8万吨/日；岛北污水处理厂1.5万吨/日。2012年定海、小干、勾山三厂共处理污水2184万吨，同比增长16%；污泥处置2.22万吨，同比增长64%；COD削减0.8万吨，与去年同期相比翻了一番；定海污水处理厂尾水回用689万吨，日均回用率达70%。